Egyesületünket azok a magyar aikido-oktatók alapították, akik kapcsolatba kerülve a tokiói Aikikai Kobayashi Dojóval meg kívánták honosítani annak oktatási módszereit, technikai elképzeléseit Magyarországon is.
A Kobayashi Dojo magyarországi kapcsolatának története 1992-ben kezdődött, amikor is a Zrínyi Miklós Katonai Akadémián működő Honshin Dojo vezetõje, Szabó Balázs egy tanítványán, Skuczi Lászlón keresztül megismerkedett Tamura Tsuneo shihannal, aki Kobayashi Dojo instruktor volt. Élénk levelezés kezdődött, majd 1993. áprilisában Szabó Balázs, Juhász Csaba és Skuczi László Varsóban találkoztak Kobayashi Yasuo-val, a Kobayashi Dojo vezetőjével. Egy hónappal később Budapestre érkezett Kobayashi sensei fia, Hiroaki, s edzést tartott a Honshin Dojóban.
Közben a Honshin Dojo köré egyre komolyabb csoport kezdett szerveződni, az ezt az aikido-vonalat követni kívánók létszáma folyamatosan nőtt, ami kibővítette lehetőségeinket. 1993. februárjában Vácott Dóczi Sándor csatlakozott a Honshin Dojóhoz, áprilisban Szabó Balázs Miskolcon, szeptemberben Szeltner Zsolt Egerben nyitott új dojót. Az első teljes edzőtáborra 1993. augusztusában került sor, Tamura Tsuneo vezetésével. A következő évben, 1994. augusztusában ismét Tamura sensei vezette a nyári edzőtábort, majd szeptemberben Szabó Balázs Tokióba utazott, s megbeszéléseket folytatott Kobayashi Yasuóval. 1995. júliusában meghalt Tamura Tsuneo, aki a kapcsolat kezdeti időszakának irányítója volt, helyét Kobayashi Hiroaki vette át, Ő vezette ebben az évben az augusztusi tábort is Sopronban. Júliusban Szabó Balázs újra Tokióba utazott s tárgyalt Kobayashi sensei-jel a kapcsolat hivatalossá tételének lehetőségéről.
Reményeink 1996-ban váltak valóra: ebben az évben a nyári edzőtábor vezetésére maga Kobayashi Yasuo sensei érkezett Budapestre, s megrendezhettük első dan-vizsgáinkat is. Szeptemberben összeült az a 12 instruktor, akik már addig is szorosan együttműködve dolgoztak, s megalapították a Magyarországi Kobayashi Dojók Egyesületét (MKDE).
Az Egyesület fő célja, hogy a Kobayashi Dojo által képviselt aikido-szemlélet, technikai rendszer és szervezeti működés meghonosodjék Magyarországon is, mindez olyan szervezeti keretek között, amelyek lehetővé teszik a dojók kölcsönös érdekeken alapuló, intenzív együttműködését. Az MKDE megalapítása után lehetőséget kaptunk japán partner-szervezetünktől évi két edzőtábor rendezésére, így 1997 óta Tavaszi és Nyári Edzőtábort bonyolítunk le.